江戸時代末期の元治元年（1864年）この門の周辺で長州藩と、御所の護衛に当たっていた会津・薩摩藩との間で激戦が行われました。この戦いが「蛤御門の変（禁門の変）」で、門の梁にはその時の鉄砲の玉傷が残っています。この門は新在家門といわれていましたが、宝永の大火（1708年）のさい、それまで閉ざされていた門が初めて開かれたため「焼けて口開く蛤」にたとえて、蛤御門と呼ばれるようになったといわれています。